La Agencia actualmente no cuenta con fondos suficientes. A comienzos de 2014, el déficit la Agencia se situó en 65 millones de dólares. En general, los fondos no se mantienen al ritmo de las crecientes necesidades de los refugiados. Esto ha llevado a una preocupante erosión en la calidad de los servicios prestados por UNRWA.

Tras la retirada de fondos de EE.UU., el mayor donante de UNRWA, a principios de 2018, la Agencia se enfrenta a una crisis financiera sin precedentes.