El presupuesto de UNRWA se rige por los objetivos estratégicos y las prioridades esbozadas en su Estrategia de Mediano Plazo 2016-2021. Casi la mitad del presupuesto de la Agencia se destina a proporcionar gratuitamente educación básica. La Agencia también destina gran parte de su presupuesto a proporcionar asistencia de salud primaria a los refugiados, con especial énfasis en la salud materno infantil, y servicios sociales básicos a la población refugiada que se encuentra en condiciones extremas de pobreza. Además, la Agencia también gestiona un programa de micro-créditos para apoyar a los propietarios de pequeños negocios y proporcionar créditos a las familias empobrecidas.