UNRWA implementa la mayoría de sus servicios directamente, sin embargo, el personal de UNRWA y de las ONG trabajan conjuntamente en servicios esenciales para los refugiados de Palestina, continuando con la tradición de socios y cooperantes entre UNRWA y las ONG que data desde el establecimiento de la Agencia. Esta cooperación esta normalmente orientada a la rama medico-sanitaria, derechos humanos y desarrollo. Particularmente esta cooperación aporta logros técnicos y experiencia.