UNRWA tiene su propio departamento de supervisión interna, encargado de proporcionar supervisión a través de:

• servicios independientes, profesionales y objetivos de auditoría interna, inspección, investigación y consultoría.
• una administración responsable de los recursos, una cultura de rendición de cuentas y transparencia.
• la mejora del rendimiento de los programas.

El Comisionado General de UNRWA es asesorado por el Comité Consultivo de Supervisión Interna, que incluye a miembros externos. La Agencia también es auditada por la Junta de Auditores de la ONU cada dos años, que remite sus informes a la Asamblea General. La Agencia está sujeta a los principios de las prácticas de supervisión que se aplican al sistema de las Naciones Unidas en su conjunto.