UNRWAren aurrekontua Epe Ertaineko Estrategian (2016-2021) adierazitako helburu estrategikoen eta lehentasunen arabera arautzen da. Agentziaren aurrekontuaren ia erdia oinarrizko hezkuntza doan emateko erabiltzen da. Agentziak, halaber, errefuxiatuei lehen mailako osasun-laguntza ematera bideratzen du bere aurrekontuaren zati handi bat ─arreta berezia jarriz haurren eta amen osasunean─, baita oinarrizko gizarte-zerbitzuak eskaintzera ere muturreko pobrezia-egoeran dauden errefuxiatuei. Gainera, Agentziak mikro-kredituen programa bat kudeatzen du, negozio txikien jabeei laguntzeko eta txirotutako familiei kredituak emateko.